隨著貨運代理企業經營模式的改變和計算機技術的發展，貨運系統正逐步向管理一體化、網絡化、外部化、多功能數據接口的方向發展。
貨運系統已從初的制單功能逐步發展到綜合文檔管理和多功能輸出（打印、傳真、電子郵件、MSN、存儲文檔、批量輸出）、貨物狀態管理、付款管理、結算管理、管理、會計管理等；從輸出基本的數據統計報表到數據圖形報表、智能報表、輔助決策分析等；從企業管理到行政管理（OA）、客戶服務（EB）等職能。貨運軟件的集成功能越來越多，模塊功能越來越詳細。這也提高了貨運軟件供應商的準入門檻。由成熟的貨運系統供應商提供的貨運系統，業務流程流暢，功能細致，人性化。
隨著貨運代理公司逐步向集團化發展，系統提出了數據集中和分布管理的要求。也就是說，數據需要集中存儲在同一臺服務器上，每個分支需要獨立管理數據。當然，這對服務器和帶寬的要求也很高。此外，聯網還體現在一些數據可以隨時在線查詢，方便公司經理或人員出差時管理數據。
貨運系統正逐漸從單一的解決方案轉變為企業內部的業務，轉變為整個物流供應鏈各個環節的信息交互，并建立一個行業共同體環境。例如，與工廠外貿公司、外貿工廠、航運公司、航空公司、保險公司、銀行、車隊、報關行、貨運代理、倉儲公司等進行信息交互。同時，貨運軟件制造商試圖打破原有軟件制造商無法與數據交互的局面，建立軟件聯盟，并通過集成建立統一的數據接口，確保聯盟中的軟件用戶能夠實現數據連接，從而催生數據物流等新服務。